1937年抗日戰爭爆發，東北、華北、華東大部分地區被日軍侵占，使桑志華的采掘工作被迫中斷。1938年日軍侵占天津，桑志華回國，北疆博物院也基本停止了采掘與研究工作。1938年至1949年，北疆博物院處于看守階段。
1951年2月，北疆博物院由私立津沽大學代管。1951年9月，天津市委宣傳部接收北疆博物院。 1952年6月，天津市人民政府批準在北疆博物院的基礎上組成天津人民科學館籌備委員會，1952年11月，天津市人民科學館成立。1957年6月，天津人民科學館更名為天津市自然博物館。1959年陳列展覽和辦公地址遷至河西區馬場道272號（原英國跑馬場的馬廄）。同年，時任政務院副總理、文化教育委員會主任、中國科學院院長郭沫若先生為該館題寫了館名。1968年8月，天津市歷史博物館、天津市藝術博物館、天津市自然博物館合并，組建天津市博物館。1973年12月，恢復各博物館建制。1974年1月，更名為天津自然博物館。1975年在原址改建展室，1978年建成開放。
1997年天津市政府投資在原址翻建天津自然博物館，1998年重新開放。新館占地2萬平方米，建筑面積1.2萬平方米，由陳列館、藏品庫、業務用房、植物園四個功能區組成。主體建筑“海貝含珠”造型，寓意天津自然博物館是渤海之濱的一顆明珠。
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